Постановлением Правительства РФ от 19 июля 2002 г. № 545 утверждено:

Эмблема Министерства транспорта РФ представляет собой изображение золотого, увенчанного тремя объединенными лентой коронами двуглавого орла, поддерживающего лапами расположенный на его груди круглый щит в виде голубого земного шара с золотистыми параллелями и меридианами, с наложенной на него серебряной розой ветров, с двух сторон которой изображены крылья (большая эмблема).

Допускается использование в качестве самостоятельных эмблем Министерства транспорта Российской Федерации голубого земного шара с золотыми параллелями и меридианами, с наложенной на него серебряной розой ветров, с двух сторон которой изображены крылья (средняя эмблема), и серебряной розы ветров, с двух сторон которой изображены крылья (малая эмблема).

Эмблема Министерства транспорта РФ может выполняться в черно - белом изображении.

Флаг Министерства транспорта РФ представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета. В крыже расположено изображение Государственного флага РФ. В правой нижней части полотнища - цветное изображение эмблемы Министерства транспорта РФ.

Ширина полотнища составляет 2/3 его длины. Длина и ширина изображения Государственного флага Российской Федерации составляют соответственно 1/2 длины и ширины полотнища. Высота изображения эмблемы Министерства транспорта РФ составляет 3/5 ширины полотнища, ширина составляет 1/3 длины полотнища. Изображение эмблемы Министерства транспорта РФ расположено на расстоянии 1/20 ширины полотнища от нижнего и правого краев полотнища.

Эмблема бывшего Министерства путей сообщения Российской Федерации (ныне Федеральное агентство железнодорожного транспорта) представляла собой изображение серебряного двуглавого орла с поднятыми крыльями, увенчанного одной большой и двумя малыми серебряными коронами, соединенными серебряной лентой. В лапах орла - золотое железнодорожное колесо, с двух сторон которого изображены крылья. На груди орла - пятиугольный щит с зеленой каймой. На черном поле щита - золотые диагонально перекрещенные гаечный ключ и молоток.